macOS10.12 (Sierra) でWinBUGSを動かす (Wine, R2WinBUGS使用)

メインマシンをクリーンインストールする羽目に会いました。今度こそWinBUGSは卒業したくはあるのですが、依然StanやJAGSでは通らないコードも残っておりまだ手放せずにいます。早くStanが離散パラメータを直接扱えるようになってほしい…

以下は、いったんMountain lion (OSX10.8）をクリーンインストール → Sierraにアップグレードしたマシンにインストールした場合の報告例です。El Capitan（OSX10.11）の時とほぼ同様です。

まず、XQuartzとHomebrew（パッケージ化されていないアプリを容易にインストールするための補助ツール？）を入れ、Homebrewを用いてWine（非Windows OS上でWin専用アプリケーションを実行する環境）をインストール、Wineのディレクトリ内にWinBUGSをインストールするという流れです。

cf. 以下の「ターミナル」の使い方：
「アプリケーション」→「ユーティリティ」にある「ターミナル」を立ち上げる。

コンピュータ名:~ ユーザ名$

このドルマーク $ の後にコマンドを打っていく。
なお、インストールに関わるところでパスワードを求められるが、その都度、自分のアカウントのパスワードを入れる。
（以降、パスワードを入れる作業は説明を省略）

＜以下、作業手順（もしかするとSierraでは1〜４の行程は不要かもしれない＞

0）実行環境
・Mountain lion (OSX10.8）をクリーンインストール → SierraにアップグレードしたiMac


1) 下準備の開始、/usr/local/フォルダを作る、ロックをいったん外して操作をするという動作をするのですが、その前にシステムの基本的なセキュリティを一旦外します。推奨されていない動作だということをお忘れなく。

リカバリモード（⌘+R を押しながら起動）で起動し、ターミナルを立ち上げる


2) ターミナルの $ マークの直後に、下記のコードを打ち込む（セキュリティを外す作業）これはコピペでOK、以降も同様。

csrutil disable


3) 通常の再起動をする


4) ターミナルに下記を打ち込む（改行されて見えているだろうが、改行無しで打ち込む）

sudo mkdir /usr/local && sudo chflags norestricted /usr/local && sudo chown $(whoami):admin /usr/local && sudo chown -R $(whoami):admin /usr/local

ただし、今回の実行環境では、このディレクトリは既に存在すると言われた。なので、この危なっかしい工程はもはや省略できるかもしれない。


5) 再度、リカバリモードで起動


6) 下記のコードを打ち込む（セキュリティを元に戻す）

csrutil enable


7) 今一度、通常の再起動をする


8) Xcodeのインストール、ターミナルに以下を打ち込む

xcode-select --install


9) homebrewをインストールする

ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"

（せいぜい数分でインストールは終了するはず）

10) XQuartzのインストール。もはやアプリとして付属しなくなった。コードでインストール可能であるようなのでインストール。

brew cask install xquartz


11) Wineのインストール、下記のコードをターミナルに打ち込む。

brew install wine


12) 回線速度にもよるが、良好な環境では1時間程度でインストールは終わるだろう。これが終わったら、次のコマンドを打つ。

winecfg


13) XQuartzのウインドウが表示され、"Gecko package"が必要だから入れてもいいか？と聞かれた。表示されているInstallボタンで承諾するとインストールされる。

しばらく処理がされた後、XQuartzからWineの環境設定のようなウインドウが表示される。単に一番下のOKをクリックすればよい。


14) WinBUGSのインストール
パッチなどを当ててある展開済みのWinBUGSフォルダを用意する。Windows7、Windows8へのインストールも現在はこのやり方で行くしかないことを考えれば、Macでも同様にすればいいだろう。適用済みのWinBUGSも公開されている。

下記のコードで不可視フォルダにあるProgram Filesフォルダを開く

open ~/.wine/drive_c/Program\ Files/

ここへWinBUGSフォルダを入れればインストール完了

15）RからWinBUGSを実行する。下記のような単純なサンプルコードで試してみる。Wineを経由するので、bugs()内にそのためのコードがたくさん必要。


# R2WinBUGSのインストールをお忘れなく
require(R2WinBUGS)
# 真の値は、a=3, b=2, sd=1
X <- c(1:100)
Y <- rnorm(100, mean=(3 + 2*X), sd=1)
data <- list(X=X, Y=Y)
inits <- function() list(a=0, b=0, tau=1) 
parameters <- c("a", "b", "sigma")

model <- function() {
a ~ dnorm(0, 1.0E-6)
b ~ dnorm(0, 1.0E-6)
tau ~ dgamma(1.0E-2, 1.0E-2)
for (i in 1:100) {
Y[i] ~ dnorm(mean[i], tau)
mean[i] <- a + b*X[i] }
sigma <- 1/sqrt(tau)
}
modelpath <- file.path(tempdir(), "model.bug")
write.model(model, modelpath)

mcmc <- bugs(
data=data, inits=inits, parameters=parameters, model.file=modelpath, 
n.chains=3, n.iter=5000, debug=T,
working.directory=NULL, clearWD=T, useWINE=T, newWINE=T,
WINE="/usr/local/bin/wine", WINEPATH="/usr/local/bin/winepath")

print(mcmc) # ちゃんと真の値（a=3, b=2, sigma=1）が推定できたかチェックしよう

# 今回、opt/localではなくusr/localにパスを通すよう変更する必要が出た。以前のWINE、WINEPATHは/opt/local/bin/になっていたが、ここは/usr/local/bin/に変更していることに注意。


17）まだR上で下記のエラーコードが出るが、これはこちら（http://ggorjan.blogspot.jp/2008/10/runnning-r2winbugs-on-mac.html）によると害のないエラーコードらしい。要は推定計算さえ無事に行われていればよいだろう。
err:ole:CoGetClassObject class {0003000a-0000-0000-c000-000000000046} not registered
err:ole:CoGetClassObject class {0003000a-0000-0000-c000-000000000046} not registered
err:ole:CoGetClassObject no class object {0003000a-0000-0000-c000-000000000046} could be created for context 0x3
err:ole:CoReleaseMarshalData IMarshal::ReleaseMarshalData failed with error 0x8001011d